Добрый день. Так на кого именно оформлены квартиры? Если среди собственников есть дети, то ничего не получится, а если детей нет, то пожалуйста, делайте. Можно договором мены, можно договором купли-продажи. Запрет на сделки между близкими родственниками и н/л детьми касается только отчуждения имущества.

варианты - оформить дарение друг на друга. на налог не попадаете (если вы родные сестры, а не двоюродные, например).
маткапитал использовать не получится, к сожалению. если только не чесать левой пяткой правое ухо, то есть оформлять перекидом через третьи лица. но это очень специфическая процедура, я бы на вашем месте даже не задумывался об этом. более того, почитайте соседние темы - маткапитал при покупке недвижимости без крайней необходимости лучше не использовать, если только дети не близки к совершеннолетию: потом, если вдруг припрет продавать, сделать это будет крайне непросто - придется иметь дело с органами опеки, а это очень специфическая структура.