Здравствуйте. Есть, апартаменты не являются жилым помещением, а следовательно здесь речь идет о единственном жилье.

D!
Вы лишитесь права продажи квартиры, купленной в 2016 г. без уплаты НДФЛ через 90 дней после регистрации права собственности на вторую квартиру.
Можно принять новостройку по акту и не регистрировать собственность столько времени, сколько Вам будет необходимо. Пока что еще нет такого закона, который бы устанавливал сроки регистрации права с-ти по ДДУ.
НО! и автору вопроса, и Вам надо понимать, что в этой льготе учитывается, как второе, еще и жилье супруга, если оно находится в совместной собственности.
Причем учтено должно быть любое жилое помещение, включая доли в нем и включая даже какой-нибудь "сарайчик", если он по документам назван жилым.

По ДДУ приобретена квартира на одного собственника, собственность оформлена в 2016 г. На момент 2016 г. квартира являлась единственным жильем собственника. В 2019 г. приобретена вторая квартира, которая ещё строится, (ДДУ) на того же собственника. Есть ли право у данного собственника продать квартиру в 2020 г., купленную в 2016 г. без уплаты НДФЛ?

Если имеет право, то в каких случаях собственник лишиться права продажи квартиры, купленной в 2016 г. без уплаты НДФЛ? (завершение строительства, прием дома госкомиссией, получение приглашения на передачу квартиры, подписание Акта приема-передачи, оформление собственности)

Спасибо.